De romeinse schrijver Tacitus vermeldt in zijn geschriften het gehucht Navalia; hiermee werd misschien Genemuiden bedoeld. Rond 500 is er sprake van de nederzetting Gelmuda. In 1275 kreeg Genemuiden stadsrechten.
Bisschop Jan van Arkel schonk Genemuiden in 1347 het veerrecht: dit was een belangrijke bron van inkomsten, bovendien bevorderde de ligging van de stad aan de monding van het Zwarte Water de handel. De Blokhuis weg herinnert aan het blokhuis dat Karel van Gelre in 1527 liet bouwen. In de Tachtigjarige oorlog is stevig gevochten om het kasteel; toen prins Maurits Genemuiden in 1580 veroverd had liet hij het afbreken. De sloop was in 1584 afgerond.

De handel in hooi, riet en biezen en het maken van biezenmatten was een belangrijke bestaansbron voor Genemuiden. De stad werd in de 19de eeuw geteisterd door stadsbranden. Na de brand van 1868 werd de opslag van hooi en riet langs de Achterweg geconcentreerd en werd er een rookverbod voor de Achterweg ingesteld dat ook nu nog geldt; let u maar op de bordjes! De Sint Nicolaaskerk is een kruiskerk die in 1882/1883 gebouwd werd op de fundamenten van een eerdere, afgebrande kerk. In de 17de en 18de eeuw ontstond de biezenmatten(huis)industrie, waarbij de biezen die langs het Zwarte Water groeiden werden verwerkt. In de 29ste eeuw werd overgestapt op het fabriceren van kokosmatten. Thans produceert de Genemuidense tapijtindustrie meer dan de helft van alle Nederlandse moderne wollen en nylon vloerbedekking. Het tapijtmuseum gevestigd aan de Klaas Benninkstraat 2a laat de geschiedenis van de Genemuidense tapijtindustrie zien.

De gemeente Genemuiden vraagt u om bij een bezoek aan het plaatsje rekening te houden met de godsdienstige inslag van de bewoners en verzoekt u dan ook om de zondagsrust te eerbiedigen.

In de uiterwaarden langs de rivier komen veel vogels, vlinders en bloemen voor. Zo vindt u er o.a. de kievitsbloem, dotterbloem, gulden boterbloem, vrouwenmantel en grote pimpernel. Met agrariërs die hun landerijen in de uiterwaarden hebben zijn beheersovereenkomsten gesloten.

Het gebied is in het voorjaar een broedplaats voor weidevogels (grutto, tureluur, wulp, kievit) en in de winter een pleisterplaats voor zwanen, kolganzen, grutto's en kemphanen. De oevers zijn belangrijk voor riet- en moerasvogels zoals de rietzanger, blauwborst, en roerdomp terwijl boven het riet de kiekendief jaagt.
In de kolken en oude rivierarmen broeden zwarte sterns en in de hooilanden komen de kwartel en kwartelkoning voor. Het Zwarte Meer is een door de Europese Unie aangewezen natuurmonument.